金剛乘的修持法門可分為四個次第，一般稱之為四部瑜珈（或稱四部密續、四續部）：事部、行部、瑜珈部、無上瑜珈部。 
1. 事部
- 事部是承事、侍奉諸佛的意思。
- 著重事相的修行，如換供、淨壇、禮拜、唸誦、供養、儀式等。
- 修行以身、語的行為為主。
- 行者不自觀本尊。
- 事部重在外層，其儀式較複雜，東密有「事佛十八道」，各道皆有特別的咒語、手印及觀想。
2. 行部
- 行部是實行、實踐、執行的意思。
- 著重唸誦咒語，觀想，以及上供下施的行為。
- 行部除外部事相的修行之外，同時亦進行內修禪定，也就是說外事與內定思維並行。
- 行者可自觀本尊。
- 行部重在內層，已開始修命氣及於觀想的本尊壇城中修習空性。
3. 瑜珈部
- 瑜珈是相應之義，即與本尊相應。
- 修「入我我入觀」，與對生本尊相應，轉行者的身、口、意「三業」為本尊的「三密」，但仍有迎有送，有本尊與行者的分別。
- 著重於內在禪修。
- 瑜珈部將密續分為兩大部︰胎藏界、金剛界。自己本來佛性裏有的謂之胎藏界，而由自己修出來的謂之金剛界。
- 瑜珈也是相聯合的意思。瑜珈部就是把胎藏界（本有）與金剛界（自修）兩個相合起來。
- 胎藏界的主要修持是「五輪塔觀」，而金剛界則著重「五相成身觀」。
 4. 無上瑜珈部
- 瑜珈是指相聯合，無上瑜珈就是幾重的瑜珈。
- 依生、圓二次第之修持方法：「生起次第」是主修本尊，觀想自身變成本尊身；「圓滿次第」是主修氣、脈、明點。
- 從無上瑜珈部初灌起，行者才自成本尊。
- 強調「樂空雙運」，象徵方便與智慧不二。
- 各派皆具有其最上乘的教法，如紅教之「大圓滿」、白教之「大手印」等。
另外，在「四部瑜珈」中，行者必須分辨出那些是前行，那些是習定的部分。若我們把每部密續分成三等分，各部對「事相」及「三摩地」的偏重皆有分別︰
- 在「事部」中，三等分全都是和事相修持有關，特別是關於如何承事諸佛。
- 在「行部」中，三分之二是身、語諸外事之事相修持，三分之一是內心正定。
- 在「瑜珈部」中，三分之一屬事相修持，三分之二屬於禪修。
- 在「無上瑜珈部」中，所有的三分都和禪定有關。
因此我們了解到在密乘中，是有一個循序漸進的修行過程；而前三種瑜珈是修習無上瑜珈部圓滿三摩地的前行。請參照下圖： |
