Le premier patriarche – Sachen Kunga Nyingpo (1092 - 1158) est une incarnation du Bodhisattva Avalokiteshvara. A l'âge de douze ans, il pratiqua intensivement durant six mois et eut une vision du Bodhisattva Manjusri qui lui transmit l'enseignement de « l'Eloignement des Quatre Attachements » – « Si vous êtes attaché à cette vie, vous n'êtes pas un pratiquant du Dharma. Si vous êtes attaché à ce monde, vous n'éprouvez pas de renoncement. Si vous êtes attaché à votre propre objectif, vous n'avez pas l'esprit d'Eveil, le Bodhicitta. Si l'attachement surgit en vous, vous n'êtes plus objectif. » Ainsi, Sachen Kunga Nyingpo réalisa subitement l'essentiel de toute la voie bouddhiste qui était dans cet enseignement.

En outre, Sachen Kunga Nyingpo reçut l'enseignement de « La Voie Incluant Son Fruit » (Lamdré) directement du réalisé indien Birwapa. Ceci fut connu comme la transmission "proche" du Lamdré. Par la suite, Sachen Kunga Nyingpo composa même onze différents types de stances sur le Lamdré qui représente le principal et le plus profond enseignement de la branche Sakyapa.

Le deuxième patriarche – Sonam Tsemo (1142 – 1182), le deuxième fils de Sachen Kunga Nyingpo, hérita de son père l'essentiel de « La Voie Incluant Son Fruit » et reçut également la totalité de son enseignement. Durant sa pratique, lorsqu'il avait des doutes, il s'adressait au Bodhisattva Avalokiteshvara ou à d'autres Yidams, et il obtenait directement de l'inspiration. Par ailleurs, il pouvait, simultanément et dans différents endroits, apparaître sous l'aspect de plusieurs personnages pour transmettre l'enseignement et les initiations. Au moment de son trépas, alors qu'il avait quarante-et un ans et qu'il diffusait les enseignements, de nombreux heureux présages apparurent. Il acquit un corps d'arc-en-ciel et disparut dans un nuage de lumière.

Le troisième patriarche – Dakpa Gyaltsen (1147 - 1216) était le frère cadet de Sonam Tsemo. Dès l'âge de onze ans, il commença à prêcher le Dharma et était très éloquent. Chaque jour, sans interruption, il pratiquait soixante-dix types de rites différents du Vajrayana. En même temps, le Bodhisattva Manjusri lui donnait constamment de l'inspiration afin qu'il développât la compréhension profonde et qu'il répandît largement le Dharma. Non seulement il comprenait complètement tous les Sutras et les Tantras, mais il atteignait également la réalisation externe, interne et secrète. Il possédait également la capacité d'aller vers les terres pures des Bouddhas. Il avait prédit que trois renaissances lui suffisaient pour devenir Bouddha.

Le quatrième patriarche – Sakya Pandita Kunga Gyaltsen (1182 - 1251) était le neveu de Dakpa Gyaltsen et une incarnation du Bodhisattva Manjusri. Il prit la forme du Roi Dragon lorsqu'il n'était encore qu'un embryon et sut immédiatement parler le sanscrit dès sa naissance. Il avait des caractéristiques physiques de Bouddha : une protubérance crânienne (usnisa), la Roue de la Loi tracée sous la plante de chaque pied… A l'âge de vingt-cinq ans, il prit les vœux de discipline monastique pour devenir moine. Dans les débats, il était le premier tibétain à pouvoir vaincre les indiens appartenant à d'autres voies (non bouddhistes) et sa renommée se propagea ainsi dans toute l'Inde. A l'âge de trente-cinq ans, il devint abbé du temple Sakya. Il était très savant et par conséquent, les gens le nommaient avec respect « Sakya Pandita ». Il fut le premier « Pandita » (Erudit) au Tibet et composa plusieurs dizaine d'ouvrages.

Par ailleurs, en raison du statut religieux qu'il avait atteint au Tibet de l'époque, Sakya Pandita fut remarqué par le gouvernement de la dynastie Yuan. Il devint le premier personnage à l'origine de l'unification politique des autorités de la dynastie Yuan et du Tibet. Il créa également une relation directe entre le Tibet et les contrées des Han.

Le cinquième patriarche – Phagpa (1235-1280), de son vrai nom Drogon Chogyal, était le neveu de Sakya Pandita. A l'âge de huit ans, il donna l'enseignement du Hevajra à des milliers de moines. Les gens qui l'écoutaient avaient une grande confiance en lui car il avait une conception unique du Dharma. On le nommait ainsi « Phagpa » qui signifie le Sage. Phagpa avait un niveau de réalisation élevé. Sa tête et ses quatre membres qu'il avait lui-même coupés s'étaient transformés en cinq Bouddhas. Ce fut pourquoi l'empereur mongol Kublai Khan avait une confiance inébranlable en lui.

A l'âge de dix ans, il alla avec son oncle Sakya Pandita dans les régions des Han. En 1251, lorsque Phagpa avait seize ans, Sakya Pandita mourut et lui légua sa place de chef spirituel de la lignée Sakya. Phagpa poursuivit la construction politique de Pandita pour maintenir l'unification des contrées des Han et du Tibet. Il demeura aux côtés de Kublai Khan après leur rencontre. En 1260, Kublai Khan, devenu empereur, lui conféra le titre de « Premier précepteur impérial » et de « Grand roi bouddhique ».

Par ailleurs, Kublai Khan offrit le plus grand pouvoir politique du Tibet à Phagpa qui cumula les pouvoirs spirituels et politiques sur tout le Tibet. Ce fut la première fois dans l'histoire du Tibet qu'un chef spirituel était aussi le chef politique.