L'école Gelugpa est la dernière grande école émergente du Bouddhisme tantrique tibétain. Au cours du XVe siècle, elle s'est fortement répandue et a rapidement devancé les autres branches. Elle est actuellement la plus grande école du Bouddhisme tibétain.

Le fondateur de l'école Gelugpa fut maître Tsongkhapa (1357–1419). Il visait les laxismes qui apparaissaient dans le milieu bouddhiste tibétain de l'époque tels que la vie dissipée des moines, le relâchement de la discipline bouddhiste, la négligence de la voie des Sutras. Maître Tsongkhapa réforma alors le Bouddhisme tibétain en soulignant fortement la nécessité d'une discipline monastique, le respect de l'enseignement des Sutras, et en prônant le célibat. Il utilisait le bonnet jaune pour symboliser l'importance de la discipline. Ainsi, l'école Gelugpa fut-elle également nommée l' « école des coiffes jaunes ».

Tsongkhapa avait suivi un grand nombre de maîtres en commençant d'abord par les enseignements du Paramitayana puis ceux du Vajrayana. Au terme d'analyses des enseignements de chaque voie, il plaça au centre l'enseignement de l'école Kadampa (qui fut répandu selon les enseignements du maître indien Atisha). Il synthétisa l'essentiel des enseignements de chaque école pour fonder son propre système, en préconisant l'importance des trois véhicules, et pour construire les étapes de la pratique. Il écrivit un grand nombre d'ouvrages importants tels que le « Grand Exposé des Etapes de la Voie de l'Eveil » (basé sur « La Lampe pour la Voie vers l'Eveil » composé par le maître Atisha) et le « Grand Exposé des Etapes de la Voie des Tantras ». Les enseignements de Tsongkhapa proviennent essentiellement de la branche Kadampa. Lorsque l'école Gelugpa fut créée, les monastères et les moines Kadampas changèrent alors de désignation pour appartenir à la branche Gelugpa. Ainsi, l'école Gelugpa était également appelée la nouvelle école Kadampa.

En 1409, Tsongkhapa fit construire le monastère de Ganden à Lhassa, symbolisant la fondation de l'école Gelugpa. Par la suite, les monastères de Drepung et de Sera à Lhassa, et le monastère de Tashilhunpo à Shigatse furent édifiés pour constituer les quatre grands monastères de l'école Gelugpa.

Tsonkhapa avait deux grands disciples : Gyeltsabjey puis Kaydrubjey lui succédèrent.

L'école Gelugpa possède deux grands systèmes de lamas réincarnés : le guide spirituel "Dalaï" et le "Panchen". Au XVIIe siècle, le Ve Dalaï-Lama détenait le pouvoir politique et le Dalaï-Lama est resté le guide spirituel et politique jusqu'à nos jours. Par ailleurs, le palais du Potala à Lhassa avait été agrandi au cours du XVIIe siècle, pour être le lieu de résidence du Dalaï-Lama.

L'école Gelugpa est renommée pour son organisation exigente, pour sa stricte observance de la discipline, pour son système complet et son enseignement profond. Cette école possède un système d'enseignement organisé, suivant d'abord la voie du Hinayana et du Mahayana avant d'accéder au Vajrayana, et ce, étape par étape. Ainsi, existe t-il tout un programme pour apprendre les Sutras, passer des examens et gravir les rangs. Les moines doivent apprendre cinq Sutras du Paramitayana. Puis, après l'étude de ces cinq Sutras, ils pourront passer des examens pour l'obtention du statut de "Guéshé". Une fois le titre de Guéshé obtenu, ils pourront intégrer les monastères tantriques pour étudier les quatre Classes de Tantra.