Le fondateur de la lignée Sakyapa est Konchok Gyelpo (1034-1120) qui était issu d'une famille tibétaine aristocrate. En 1073, il fit construire un monastère au Tibet central sur une terre de couleur gris clair et le nomma, pour cette raison, Sakya signifiant "terre claire". Par la suite, le nom du monastère est devenu celui de la lignée.

La transmission dans la lignée s'effectuait par la voie familiale. Après la mort du fondateur, son fils Kunga Nyingpo (1092-1158) lui succéda. Ce dernier contribua à l'expansion de l'école Sakyapa et à la création d'un système organisé de cette école. Il fut ainsi nommé le premier patriarche de la lignée (les cinq patriarches furent Kunga Nyingpo, Sonam Tsemo, Dakpa Gyaltsen, Kunga Gyaltsen, Drogon Chogyal ; les quatrième et cinquième patriarches étaient des moines).

Kunga Nyingpo avait quatre fils. Le fils aîné de son quatrième fils était Kunga Gyaltsen (1182-1251), le quatrième patriarche de la lignée. En raison de son érudition, on le surnomma "Sakya Pandita". C'était le protagoniste de l'unification politique des autorités de la dynastie Yuan et du Tibet.

Le neveu de Sakya Pandita était le célèbre Phagpa, de son vrai nom Drogon Chogyal (1235-1280). Il fut le cinquième patriarche. Il avait acquis la confiance du roi Yuan. A l'âge de dix-neuf ans, il reçut l'invitation de l'empereur Kublai Khan et fit des transmissions et des initiations du Vajrayana. A l'âge de vingt-six ans, il fut nommé "premier précepteur impérial" puis "Grand roi bouddhique" (la désignation de Grand roi bouddhique était désormais le titre le plus élevé attribué au guide spirituel du Tibet lors des dynasties Yuan et Ming). Par la suite, tout le pouvoir politique tibétain était détenu par les Sakyapas.

Les Sakyapas avaient atteint l'apogée grâce principalement à l'appui du pouvoir central de la dynastie Yuan. Leur force était ainsi liée à celle de la dynastie Yuan. Lorsque la dynastie Yuan fut en déclin, la puissance des Sakyapas s'affaiblissait également. A l'époque des Qing, leur influence s'était presque éteinte et il ne restait que très peu de temples.

Durant la diffusion du Bouddhisme par les Sakyapas, il y eut un grand nombre d'adeptes parmi lesquels le renommé Remdawa (1349-1412) issu du Hinayana et du Mahayana. Ce dernier avait composé de multiples ouvrages et avait de nombreux disciples. Il était le principal maître de Tsongkhapa (fondateur de l'école Gelugpa) enseignant la voie des Sutras. Par ailleurs, les deux célèbres disciples de maître Tsongkhapa - Gyeltsabjey et Kaydrubjey - étaient initialement des disciples de Remdawa.

La spécificité de l'enseignement et de la pratique Sakya est "la voie et son fruit". Quant aux enseignements fondamentaux, il y a peu de différences entre les diverses écoles.

Il est dit qu'à l'extérieur des temples Sakyas, les murs étaient de couleur rouge, blanche et bleue. Le premier patriarche Kunga Nyingpo avait atteint l'état de Hevajra dont les trois visages étaient de couleur bleue au centre, rouge à gauche et blanche à droite. Afin de rendre inoubliable son Yidam, Sachen Kunga Nyingpo utilisa ces trois couleurs pour l'extérieur de ses temples.